其卷下之文，即从此娑婆东去，过十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，从初发心，即发十二大愿，且有咒语，皆与今本相同；惟药师佛说咒后之经文，较今本稍异。今本咒后之文，明闻药师佛名所获之利益，而彼则皆明闻七佛名号之利益，此其不同一也。又彼于药叉神将，闻七佛名号已，发愿卫护是法。时诸天人之众，有疑惑不信者，佛知彼等心念，即入惊召一切如来甚深妙定，十方世界六种震动，七佛应召来会证盟其事，为今本所无，此其不同二也。复次、七佛既来，即异口同声，说大神咒，其咒名如来定力琉璃光，亦为今本所无，此其不同三也。其后、执金刚菩萨，与释梵四天，复说一咒，亦为今本所无，此其不同四也。最后执金刚菩萨复说一咒，又为今本所无，此其不同五也。是故彼经共有五咒：即初、香积佛说除业障咒；二、药师佛说消灾咒；三、七佛说咒；四、执金刚与释梵四天说咒；五、执金刚说咒是也。

　　今大清龙藏中，尚有番字药师七佛本愿功德经，考其文义，与义净所译相同。昔人认作梵文，实为西藏文本，此谙藏文者，一见即知也。此西藏番字本，亦译自印度梵文，故与义净之译相同，今存藏中，即在净译之下。今听讲所用民国十一年之宁波版本，其说咒语，与旧本不同者，即自番本中录出。以其误认番本为梵文，故抄录之，然实非梵文也。如以“簿伽筏帝”为“八葛瓦帝”等，与西藏音相近，是其明证。又奘译无咒，其咒乃自净译中添入，而义净译自梵文，故知今所诵之咒，乃唐译梵音。