一、佛教融摄科学的方式
佛教对科学的融摄是佛教从其教义系统出发。对现代科学的进展所作出的反应，它的主要目的是通过融通佛教教义与科学理论，把科学的进展纳入到佛教的解释系统之中，保证佛教在科学时代发挥其特有的宗教功能。佛教对科学的融摄主要有以下方式：
1．以佛教经典的内容与现代科学发现进行比较，说明佛教宗教文化的殊胜。这种方式是最常见的。主张佛教与现代科学相契合的信教人士，多列举《治禅病秘要经》、《正法念处经》中的人身精虫之说、《起世经》中的地圆观念。《华严经》中众多世界相容相摄的思想等，与现代科学相比附。以科学家身份宣传佛法的王季同认为，佛教很少有与科学矛盾的地方，所谓的矛盾只不过是科学家的世界观制造出来的。他认为，佛教与现代科学重叠的部分主要在天文学、生理学方面。佛教的“三千大干世界”之说完全符合现代天文学所认识的世界结构。佛教讲世界生成的时候空中先起大重云，注大洪水，然后有大风吹水生泡沫，成须弥山等，恰好和康德的星云说吻合。佛教关于感觉生成机制的描述和现代生理学也不谋而合：佛教唯识学所说的“扶尘根”即指眼、耳等可见器官， “净色根”则相当于不可见的感觉神经，二者结合产生人的感觉，完全同生理学一致。这些证明佛教对于世界的认识能力决不比现代科学逊色。至于佛教和现代科学矛盾的地方，王季同认为可用以下理由解释：第一，佛虽有神通，无所不知，但他对当时的听众说法时，迁就了听众的常识，所以他不过是影射了一些新知识，并不能明明白白地照实说。第二，科学的知识，不过是在一定阶段内有效。佛所说的法，当然不能完全和现在短期内的知识相合。第三，佛本非大学教授，他的目的并非向人传授科学知识。因此，他的说法中也掺杂了一些神话。第四，佛所说的教义，经过了多次的结集和辗转抄写，因此错误乃至妄改当然难免。
随着科学新发现的出现，将其与佛教中的讲法作比较以融通佛教与科学之间的关系，是佛教信仰者持之以恒的目标。当代以科学的最新进展论证佛教教义的著名人物有旅居加拿大的作家冯冯（冯培德）等人。在冯冯看来，现代科学的进展给神创论宗教造成了不可挽回的损失，而对佛教经典则是一种“印证”：佛典中与现代科学结论相似的部分跟它的超自然（神异）描述是相互联系的，它们同是佛教超越性的证明。
2．将科学的最新发展与佛教理论作哲学上的疏通，以论证佛教教义的合理性。现代科学的发展，特别是相对论、物理学和量子力学出现，成为信教科学家融通佛教与科学关系新的契机。通过哲学上的疏通，他们说明佛教与现代科学存在文化上的统一性，也因此将佛教思想的触角延伸到现代科学的领域。在这些科学家看来，现代科学的进展，越来越趋近了佛教关于世界实相的终极认识，完全可以与佛教的唯识理论、中观哲学相融通，以此说明佛教义理能够含摄现代科学的结论。
现代佛教思想家太虚主要致力于以唯识理论来融通佛教和科学之间的关系。在《新物理学与唯识论》中，太虚从唯识论的角度概括了现代物理学的成果。太虚惊叹当时最进步的科学与哲学之逼近于佛学，实为一种不可思议的奇迹，并谓现代物理学的新世界观，深得法相唯识学之精髓。在太虚看来，英国科学家秦斯爵士（SirJames Hopwood Jeans，1877～1946年，英国物理学家）文章中所说的自然界“并非由被我们觉知的东西所组成，而即由我们知觉本身组成”，是佛教唯识论得以成立的证据；而秦斯所言“（在现代物理学中）主观问与客观问并没有截然的区别，二者形成一个不可分的整体”，便是唯识学所谓的“见分”、“相分”同为一“自体分”之识的三分义。
当代的信教科学家以其专业的理论知识和特有的佛学素养，在最新的科学理论与佛教义理之间做出沟通。曾任台湾清华大学物理系主任的王守益，采用了以现代物理学融通佛教义理的思路。他认为，佛教的空性论可以用量子力学来予以说明，因为表达微观粒子在描述上的不确定性的波函数V是看不到、测不到的，因此，它可以看作佛教中“色不异空”思想在微观世界的量子论基础。在《从科学观点提出哲学本体及其与佛教涅檗之等同》中，王守益借用现代物理学的概念，说明进入佛教涅巢状态的过程实际上是一种“相变”，即是从个别性存在的“相”（phase）或稳定态（stationarystate），转变为不具个别性或没有私我存在的“相”或稳定态。这种稳定态虽然超越了人类的理念与知识，但是具有宗教实践上的可证性。
台湾东吴大学的物理系副教授陈昌祈认为，在量子力学和唯识学之间存在着对应的关系。他在《种子与波函数》一文中表示：“在量子力学里，在未经实验观测之前，蕴含事件所有可测量讯息的波函数，可以对应唯识学中代表物质世界潜在状态的色法种子：而实验观测，则相当于唯识学中，众缘和合，种子转而变现出物质世界的现行。”作者认为，用唯识学来对应科学，则科学所讨论的物质世界就涵盖在唯识学色法的范围里。因此，量子力学的理论，正好可以用来充实唯识学的现代内涵。
