1937 年，法师在江西庐山般若精舍讲经之际，“七七”事变发生了。法师立即返回上海，召开中国佛教会常务理事紧急会议，成立“中国佛教会灾区救护团”，自任团长。随即紧急通知南京、上海地区各寺庙派出青年僧伽二百人，前往上海玉佛寺报道，成立“中国佛教会灾区救护团第一京沪僧侣救护队”，由弟子宏明任队长，在该寺集训。接着，法师又在上海清凉寺开办准备收容伤兵的佛教医院和圆明讲堂等九处佛教难民收容所。僧侣队在集训满月时，上海的“八·一三”战争爆发了，当地驻军奋起抗击，僧侣救护队也开赴前线，出发前，法师对全体队员讲话，要求每一个成员以“大无畏”、“大无我”和“大慈悲”的“三大”精神做好抗战救护工作，并说这“三大”精神是大乘佛教的救世学说的原则。法师对此作进一步的阐释：“无畏”就是无所畏惧，不怕脏，不怕累，不怕苦，不怕难，不怕死，奋不顾身地投入到抗战救亡中去;“无我”就是忘却身家之我见，置自身生死于度外去救护别人;“慈悲”就是救苦救难。

　　针对当此之时日本侵略者入侵我国的情形，法师以后又对弟子们解说“慈悲”的含义：菩萨慈悲，不能“一任强暴欺凌迫害”，不能“坐视弱小无辜横遭杀戮”，不能“眼看着无数生命在残酷敌机下被摧，尤其不忍听那为了抗击日寇而负伤在沙场上断臂折足的哀呼惨号”，所以“挺身而出，惩一以儆百，诫少以救众，负起抵抗侵略的救世之工作”，“这正是大悲大勇的菩萨行”。法师在国难当头之际，为鼓励僧伽开赴抗日前线，对于佛法的阐释是极符合佛理的。佛是大勇大悲而无畏的，负起普度众生的重担，一往直前，在紧要关头，能将自身充沛的生命力，转化为成佛度生的大愿大精进，不懈努为，最终成的佛的大雄。后僧侣救护队开赴战场，他们对牺牲的战士进行掩埋，将负伤的战士和难民送往后方，昼夜奋斗，英勇顽强，受到国内外爱好和平的人士前赞扬。由于战事继续扩大，法师又指令组织“中国佛教灾区救护团第二汉口僧侣救护队和”中国佛教会灾区救护团第三宁波僧侣救护队“，一直到沪、汉等地上相继沦陷，三个救护队各自随军转移他地。

　　救护队、医院和收容所的经费开支原来是由上海联合救济会负责的，不久经费的来源就发生了困难，法师决定再度到南洋筹集经费。1937年10月，他带弟子明旸到了新加坡、吉隆坡、槟榔屿、怡果、马六甲等地，呼吁恳请当地的华侨组织成立“华侨筹款救国委员会”，来支援祖国抗战。并借讲经的机会，积极宣扬筹款救国，倡导“一元钱救国运动”赢得华侨、华裔的热烈响应，大家纷纷募捐，到1939年总计募得十余万无，先后陆续汇到上海。

　　法师对于佛理的参悟形成正见，即而正信不疑，故能在关涉生命与尊严面前，义正辞严，舍生忘死。1939年法师从南洋回国后驻锡上海圆明讲堂。不几天，日本人藤井草宣前来“邀请”法师出任“中日佛教会会长”，遭到法师的拒绝。随后农历的 九月初一 ，在圆明讲堂莲池佛会成立时，法师正在大殿上礼佛，突然来了四辆日本宪兵队的汽车，几十个宪兵包围了大殿，以抗日分子的罪名，逮捕了圆瑛法师和弟子明旸。在日本宪兵司令部，法师受到严刑拷打。日本宪兵用手枪指着他的胸膛说：“你怕不怕死!”后又把他们师徒二人解往南京日本宪兵总司令部。宪兵们面目狰狞，虎视眈眈，气氛十分紧张，法师一心念佛，平静如常。在夜闲人静，万籁俱寂，法师接受日军的审讯时，从容镇定，理直气壮，义正辞严。更为令人敬佩的是，法师虽然身陷囹圄，可依然念地狱、天宫皆为净土，除受审以外，还连续打了三个静七，并绝食以示抗议。经过一番较量以后，日本宪兵队长看到圆瑛法师威武不屈，转而劝诱法师与之“合作”，法师以老病辞之。日寇无奈，只好将师徒二人放出。以后，日寇又几经纠缠，企图利用法师的声望来为他们服务。圆瑛法师对外宣称闭门谢客，专事著述《愣严经讲义》来应付他们的纠缠。法师在这次生死劫难中，面对强暴，临危不惧，从容应对。这全赖他平时修持深入，三昧定力功深，以致于他的弟子明旸每一念及，至今仍旧激动不已，谓“竹密不妨流水过，山高岂碍白云长”。在中国佛教学院师生请求法师赠言时，法师以“国家兴亡，匹夫有责;佛教兴衰，教徒有责”相勉。这正是法师依于人的立场，善用人的特性，不碍人间正行，来趋向于佛性的完成。

　　法师遇事不乱，心中颇有正见，这也是他之所以成为一代高僧的缘由。全国解放前夕，上海人心惶惶，居住在香港、新加坡等地的教友和弟子，有许多来函来电并买好飞机票，催促法师到南洋安度余生。法师均以“我是中国人，生在中国，死在中国，决不他往”来作为复信，婉言谢绝。

　　圆瑛法师一生为法对人，堪为楷模。他自己参佛悟道，并将自己的心得谆谆教于他人。一次，有人想皈依他为师，他和蔼地寻问对方为什么出家，对方回答说：“感到人生很苦，也觉得佛门清净安乐”，愿出家成为象法师那样有道德，有学问，讲经说法，教化余生的法师。圆瑛法师听后严肃地说：“出家学做法师，不是最大志愿，必须发起‘众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成'的大菩提心，才是最大的志愿。”圆瑛法师正是循着这种认识精进前行的，他自行化化，利乐在情。他知道小寺生活清苦，经常寄钱资助僧众道粮，还给自己的弟子寄零用钱和衣服。全国各寺庙里的当家知事，一般的僧众，寺庙的公事，还有其他人遭遇困难，只要求助于法师，他都会尽为相助。每逢圆明讲堂举办法会，一些不务正业的氓流僧也来混饭吃。法师对他们也给予照顾，先叫人给他们好的斋饭吃，然后每人一个红包，又严肃地接诲一番，使其欢喜而去。1952年，法师参加在北京召开的亚洲及太乎洋区域和平会议之后，回到上海圆明讲堂，举办了四十九天的和平法会，收入的香金达亿元(旧币)以上。除了一些开支外，法师将其余的全部供给各地大小寺庙，资助僧众生活。法师的行为充分体现了他平等利人的菩萨精神，为佛教徒和世人所崇敬、赞叹!

　　法师精进勇勐，辛勤劳作，积劳成疾。1953年，他身体每况愈下，在病中，法师神情一如往常一样安定。曾对明旸等人说：“我今病势严重，恐难痊愈……身心尚感安乐，无挂无碍，出家人置生死于度外，以疾病为助缘，余号‘三求堂主人'，平生以求福、求慧、求生净土为宗旨。现在福慧已求，最后只有一心念佛，求生净土。”

　　在1953年的夏天，法师辗转于病榻之际，弟子明哲护侍。在一个万籁俱寂的深夜，他恭敬地前问：“如何行使佛子的使命?”法师慈目微笑，略一沉思，即说：“发菩提心，严持净戒，弘宗演教，利乐人天。”稍停片刻后，又说：“为法为人为证菩提，爱国爱教爱护和平。”是年的七月中旬，法师自知尘缘将尽，决意归老于宁波天童寺，于是束装就道，前往宁波。到宁波一个月后，即9月19日 ，这一天，法师精神极好，毫无异状，叫明旸将他的衣裤鞋袜取来，为他更衣，然后扶他到庭前，打坐有一个小时。该夜11点，诸师和信徒们都集到法师前一心念佛，法师的嘴唇也微动，默念佛号。11时15分，法师用慈眼向左右环视，作告别示意后，闭目正卧，在大众的念佛声中，安然逝世。

　　法师一生确实做到了他自我要求的那样，始终把弘法做人，利民护国，饶益有情看作成佛之甚，众善之首。他的这种大德永远启迪着后人。